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但是，下列情形除外：(一)納稅人將承攬的運輸業務分給其他單位或者個人的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位或者個人的運輸費用后的余額為營業額;(二)納稅人從事旅游業務的，以其取得的全部價款和價外費用扣除替旅游者支付給其他單位或者個人的住宿費、餐費、交通費、旅游景點門票和支付給其他接團旅游企業的旅游費后的余額為營業額;(三)納稅人將建筑工程分包給其他單位的，以其取得的全部價款和價外費用扣除其支付給其他單位的分包款后的余額為營業額;(四)外匯、有價證券、期貨等金融商品買賣業務，以賣出價減去買入價后的余額為營業額;(五)國務院財政、稅務主管部門規定的其他情形。

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但由于《財政部、國家稅務總局關于公布若干廢止和失效的營業稅規范性文件目錄的通知》，(財稅〔2009〕61號)規定其自2009年1月1日起作廢，因此納稅人在2009年1月1日后發生的應差額征稅的營業稅勞務，如果扣除的差額確屬2009年1月1日之前發生的，且無法取得差額業務發生當時符合《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》第十九條所規定的憑證，則國稅函〔2005〕77號文件提到的法院判決書、裁定書、調解書，以及可由人民法院執行的仲裁裁決書、公證債權文書也應視為合法有效憑證。

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《中華人民共和國營業稅暫行條例實施細則》第十九條規定，條例第六條所稱符合國務院稅務主管部門有關規定的憑證，是指：(一)支付給境內單位或者個人的款項，且該單位或者個人發生的行為屬于營業稅或者增值稅征收范圍的，以該單位或者個人開具的發票為合法有效憑證;(二)支付的行政事業性收費或者政府性基金，以開具的財政票據為合法有效憑證;(三)支付給境外單位或者個人的款項，以該單位或者個人的簽收單據為合法有效憑證，稅務機關對簽收單據有疑義的，可以要求其提供境外公證機構的確認證明;(四)國家稅務總局規定的其他合法有效憑證。